Markus Linder, in Balsthal (Schweiz) geboren, genoss den ersten Alphornunterricht bei seinem Vater, Paul Linder. Später kam das Es-Horn hinzu, mit welchem er in verschiedenen Brass Bands der Schweiz als Solo-Hornist mitspielte. 1992 erwarb er - als erster in der Schweiz - das Lehrdiplom auf Es-Horn.

Im Weiteren liess er sich an der Musikhochschule Luzern zum Blasmusikdirigenten ausbilden, dirigierte mehrere Formationen und leitete zuletzt das Blasorchester und die Jugendmusik Bern-Bümpliz. Er leitete u.a. die Kadettenmusik Burgdorf und gibt seit 1996 Konzerte mit seiner Familie (als Familien-Formation „Furioso Romantica“).

Neben seiner Lehrtätigkeit an verschiedenen Musikschulen widmet Markus Linder sein Interesse seit Mitte der neunziger Jahre wieder intensiv dem Alphorn. Begleitet von (Blas-)Orchester, Orgel oder Klavier führten ihn – neben Auftritten in der Schweiz - Konzertreisen nach Kolumbien, Polen, Bulgarien, Norwegen, Irland und Deutschland.

So wurde er 1997 vom Bündner Kammerorchester als Solist zu einer Konzerttournee eingeladen. In den Jahren 1999 bis 2001 führte ihn jeweils eine zweiwöchige Konzertreise nach Polen, bei denen er, zusammen mit dem polnischen Organisten Robert Grudzien, jeweils  zehn Konzerte gab.

Im Weiteren folgte ein Konzert mit dem Orchester der Academia Engadinaisa im Kultur- und Kongresshaus Luzern, drei Konzerte mit den Winterthurer Synphonikern und Auftritte an der Expo 2000 in Hannover. Während vielen Jahren wirkte Markus Linder an den Schönrieder Alphorntagen und dem Bregenzer Alphornseminar als Kursleiter mit. Er ist Gründungs- und Vorstandsmitglied des Vereins ALPHORN IN CONCERT und amtet zur Zeit als Präsident.